1.透析：利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的方法。

2.超滤法：应用正压或离心力使蛋白质溶液透过有一定截留分子量的超滤膜的方法。

3.丙酮沉淀：0-4℃低温；丙酮的体积10倍于被沉淀蛋白质；蛋白质沉淀后应迅速分离。

4.盐析：硫酸铵、硫酸钠或氯化钠等中性盐放入蛋白质溶液中，破坏水化膜并中和表面电荷，导致蛋白质胶体的稳定因素去除而沉淀。

5.免疫沉淀法：利用特异抗体识别相应的抗原蛋白，形成抗原抗体复合物，从蛋白质混合溶液中分离获得抗原蛋白的方法。

6.电泳：蛋白质在高于或低于其等电点的溶液中，受到电场力的作用向正极或负极泳动。

（1）SDS-PAGE电泳：加入负电荷较多的SDS（十二烷基磺酸钠），导致蛋白质分子间的电荷差异消失，此时蛋白质在电场中的泳动速率只和蛋白质颗粒大小有关，用于蛋白质分子量的测定。

（2）等电聚焦电泳：在电场中形成一个连续而稳定的线性pH梯度，电泳时被分离的蛋白质泳动至其等电点相等的pH值区域时，净电荷为零不再受电场力移动，该法用于根据蛋白质等电点的差异进行分离。

（3）层析：待分离蛋白质溶液（流动相）经过一个固态物质（固定相）时，根据溶液中待分离的蛋白质颗粒大小、电荷多少及亲和力等，使待分离的蛋白质在两相中反复分配，并以不同速度流经固定相而达到分离蛋白质的目的。

7.阴离子交换层析：负电量小的蛋白质首先被洗脱

8.凝胶过滤：分子量大的蛋白质最先洗脱

9.超速离心：既可分离纯化蛋白质也可测定蛋白质的分子量；

对于球形蛋白质而言，沉降系数S大体上和分子量成正比关系

S（未知）/S（标准）＝｛Mr（未知）/Mr（标准）｝^2/3