肿瘤的发生是一个长期的多因素参与的多步骤的过程。肿瘤的发生并非单个分子事件，一般需要多个基因的改变，包括几个癌基因的激活，两个或更多肿瘤抑制基因的失活，以及其他基因的变化。以结肠癌发生为例，从肠上皮增生到癌变的发展过程中，发生多个步骤的癌基因突变和肿瘤抑制基因的失活。这些阶段性积累起来的不同基因水平的改变，通过形态学变化反映出来。