牙本质分为：

（1）小管周牙本质：在镜下观察牙本质的横剖磨片时，可清楚见到围绕成牙本质细胞突起周围的间质与其余部分不同，呈环形的透明带，构成牙本质小管的壁，称为管周牙本质。管周牙本质钙化程度高，含胶原纤维少。

（2）小管间牙本质：位于管周牙本质之间。其中胶原纤维较多，矿化较管周牙本质低医学\教育网搜集整理。

（3）前期牙本质：牙本质的形成是持续性的，在成牙本质细胞和矿化牙本质之间是一层未钙化的牙本质，称为前期牙本质。

（4）小球间牙本质：牙本质的钙化是由许多钙质小球融合而成的。在牙本质钙化不良时，钙质小球之间遗留一些未钙化的间质，其中仍有牙本质小管通过，此未钙化的区域称为小球间牙本质。小球间牙本质主要见于牙冠部近釉牙本质界处，沿着牙的生长线分布，大小不规则，其边缘多呈凹形，很像许多相接球体之间的空隙。

（5）托姆斯颗粒层：在牙齿纵剖磨片中，可见根部牙本质透明层的内侧有一层颗粒状的未矿化区。磨片下为不透光的黑色区。其形成的原因有人认为是成牙本质细胞突起的末端膨大，或为末端弯曲所成，也有人认为是矿化不全所致。