智齿生长的位置特殊，给它的清洁和治疗带来许多问题，常引起的疾病有龋齿（俗称蛀牙）、牙周炎、牙髓炎：由于智齿在最里面，日常刷牙不容易清洁，容易产生蛀牙，且智齿往往由于萌发空间不足出现胀痛，还会侵犯邻牙，造成牙疼。

由于没有对咬牙，有时智齿会过度萌发，进而影响咬合；还有时会萌发不足成为阻生齿，引起牙列不齐，冠周间隙感染，张口困难。智齿是第三大臼齿，对相邻的第二磨牙有重要影响。由于大多数智齿是前倾阻生的，约呈45度角顶在第二磨牙上，从而形成一个牙冠夹角，容易嵌塞食物，久之导致第二磨牙龋坏，甚至牙髓炎，就算没有那么严重也会影响第二磨牙的寿命。