链球菌和葡萄球菌各占自体瓣膜心内膜炎病原微生物的65%和25%.急性者，主要由金黄色葡萄球菌引起，少数由肺炎球菌、淋球菌、A族链球菌和流感嗜血杆菌等所致。亚急性者，草绿色链球菌最常见医`学教育网搜集整理，其次为D族链球菌（牛链球菌、肠球菌），表皮葡萄球菌和其他细菌较少见。真菌、立克次体和衣原体为自体瓣膜心内膜炎少见致病微生物。