1.出现多种多样的症状，取决于阿米巴原虫所侵犯的组织和器官。
2.肠道内症状：肠道是最常见的初发病变部位，原虫侵入大肠后引起以痢疾为主的症状。潜伏期一周至数月不等。症状轻重不一。轻者只有腹部不适、食欲不振。一般发病轻缓，先诉腹痛，继而排便，表面带有少量黏液及血液，典型者如猪肝酱样，里急后重不显著，每天大便5～6次。如病变以回盲部为主，则可便秘，或便秘和腹泻交替出现，病程迁延较久。偶有急性者，发热、便带血，甚似细菌性痢疾，每天便数10次以上，体温高达39℃左右，下腹部有压痛，数天后急性症状渐缓和，10～20天后自行痊愈，亦有发展成慢性病变，随时可转成急性发作，迁延多年致结肠壁增厚。
3.肠道外症状：迁徙性感染可遍及全身各个部位。新生儿往往表现为脓毒血型，在许多内脏中形成多发小脓肿。
4.并发症
⑴肝脓肿及肝炎：出现弛张型高热，肝脏肿大，以右叶为多，右上腹压痛，白细胞增高。胸部透视可见右膈肌运动受限，甚至发生胸膜炎。从压痛最明显处穿刺能抽出牛奶咖啡样脓液，并能从脓汁中找到阿米巴滋养体。脓肿破入胸腔可致脓胸、肺脓肿、右支气管肝瘘，亦可形成膈下脓肿及腹膜炎，病变蔓延到阑尾可致阑尾炎，症状与细菌性阑尾炎相似。
⑵肺脓肿及脑脓肿：偶见于血行播散的病儿，多在病程的终末期或见于幼婴自母亲传染者，病程迅速恶化。因此凡有家庭接触史的幼婴、新生儿，应及早检查粪便，以免延误诊断失去早期治疗机会，引起严重后果。
⑶腹膜炎：阿米巴性腹膜炎比较少见，其症状往往为阿米巴痢疾或阿米巴肝脓肿所掩盖，常易漏诊。必要时做诊断性腹腔穿刺，取得咖啡色黏稠脓液，可检出阿米巴原虫。
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