药物治疗是治疗强迫症的主要方法之一，大量对成人强迫症治疗的研究结果显示氯米帕明和氟西汀两药效果最好。氯米帕明是一种5-HT再摄取阻滞剂，血清半减期为17～28h，口服后在肝脏内代谢为去甲氯丙咪嗪（DMI），DMI同样具有生物活性，半减期更长。氯米帕明的临床疗效较DMI为好。氯米帕明治疗儿童和青少年强迫症的平均剂量为140mg/d左右，一般情况下治疗3周以后，75%的患儿会有不同程度的改善。治疗初期部分患儿会出现口干、多汗、震颤、眩晕、视力模糊、共济失调等不良反应，使用一段时间后多能自行消退。可能会有部分患儿服药后影响听课效率和学习成绩，往往在大剂量使用药物时才出现。大剂量用药偶可见心脏传导阻滞、心律不齐等不良反应，需要密切的临床观察，要在医师指导下进行。

氟西汀与氯米帕明相似，也是5-HT再摄取阻滞剂。开放性和多中心临床研究显示，氟西汀对成人强迫症患者安全、有效。虽然氟西汀治疗儿童强迫症的研究没有成人多，但已有的结果认为儿童强迫症可以耐受10～40mg/d的剂量，而且不良反应较少。

也有一些研究者曾使用氯米帕明联合左旋色氨酸和（或）碳酸锂治疗强迫症取得了部分疗效，这种经验性治疗对患儿是否有效尚有待进一步探讨。

单纯药物治疗虽然可取得一定的疗效，但停药后多数患者的病情会复发。如果结合行为治疗同时进行，复发率则会大大降低。