分子对接是将已知三维结构数据库中的分子逐一放在靶标分子的活性位点处。通过不断优化受体化合物的位置医学教|育网搜集整理、构象、分子内部可旋转键的二面角和受体的氨基酸残基侧链和骨架， 寻找受体小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象， 并预测其结合模式、亲和力和通过打分函数挑选出接近天然构象的与受体亲和力最佳的配体的一种理论模拟分子间作用的方法。