摄入伤寒杆菌之后，如果有部分伤寒杆菌没有被胃酸杀灭，它们将到达回肠下段，穿过黏膜上皮屏障，侵入回肠集合淋巴结的单核吞噬细胞内繁殖形成初发病灶；然后，进一步侵犯肠系膜淋巴结经胸导管进入血循环，形成第一次菌血症，此时，临床上处于潜伏期。接着，被单核巨噬细胞系统吞噬、繁殖后再次进入血循环，形成第二次菌血症。伤寒杆菌向肝、脾、胆、骨髓、肾和皮肤等器官组织播散，肠壁淋巴结出现髓样肿胀、增生、坏死，临床上处于初期和极期。在胆道系统内大量繁殖的伤寒杆菌随胆汁排到肠道，一部分于粪便排出体外，一部分经肠道黏膜再次侵入肠壁淋巴结，使原先致敏的淋巴组织发生更严重的炎症反应，可引起溃疡形成，临床上处于缓解期。在极期和缓解期，当坏死或溃疡的病变累及血管时，可引起肠出血；当溃疡侵犯小肠的肌层和浆膜层时，可引起肠穿孔。随着机体免疫能力的增强，伤寒杆菌在血液和各个脏器中被清除，肠壁溃疡愈合，临床上处于恢复期。

　　伤寒杆菌释放脂多糖内毒素可激活单核吞噬细胞释放白细胞介素-1和肿瘤坏死因子等细胞因子，引起持续发热、表情淡漠、相对缓脉、便秘、休克和白细胞减少等表现。

　　少数患者因免疫力不足，伤寒杆菌在病灶中未被完全消灭，可再次繁殖侵入血循环引起复发。