先天性甲状腺功能减低症病因主要包括以下两个方面：

　　1.散发性先天性甲低

　　（1）甲状腺不发育、发育不全或异位：造成先天性甲低最主要的原因，约占90％。此时甲状腺部分或完全丧失了其分泌功能。可能与遗传素质及免疫介导机制有关。

　　（2）甲状腺激素合成障碍：是导致先天性甲低的第二位常见原因。大多为常染色体隐性遗传病。

　　（3）TSH、TRH缺乏：亦称下丘脑-垂体性甲低或中枢性甲低，是因垂体分泌TSH障碍而造成的，常见于特发性垂体功能低下或下丘脑、垂体发育缺陷，其中因TRH不足所致的下丘脑性甲状腺功能减低症更为多见。TSH单一缺乏者甚为少见，常与GH、LH等其他垂体激素缺乏并存。

　　（4）甲状腺或靶器官反应性低下：均罕见。

　　（5）母亲因素：母亲服用抗甲状腺药物或母亲患自身免疫性疾医学教|育网搜集整理病，存在抗TSH受体抗体，均可通过胎盘而影响胎儿，造成甲低，亦称暂时性甲低，通常在3个月后好转。

　　2.地方性先天性甲低

　　地方性甲状腺功能低下症多因孕妇饮食中缺乏碘，致使胎儿在胚胎期即因碘缺乏而导致甲状腺功能低下。