在H7N9禽流感病毒溯源方面，研究人员发现造成这次暴发的H7N9禽流感病毒是一种新型的重配病毒，主要由4个不同来源的流感病毒重配而成。研究显示，病毒的其中一种基因很可能来源于我国长三角地区的鸭群中的H7亚型禽流感病毒，而这种病毒很可能是由在东亚迁徙线路上的候鸟传入长三角鸭群中。另一种基因的最可能来源是经过我国的迁徙候鸟，而鸭群很可能作为一个重要的宿主将野鸟的病毒传入家禽。

而H7N9禽流感病毒另外6个内部基因片段来源于在我国家禽中（主要是鸡群）流行的H9N2亚型禽流感病毒。这6个基因片段也非单一来源，其中一个可能来源于江苏周边的鸡群，其他5个来源于上海、浙江附近的鸡群。造成6个基因片段多样性的原因很可能与家禽的运输有关。

研究同时表明，这次暴发的H7N9禽流感病毒至少有2个不同分支，它们在病毒的受体结合特性、“达菲”耐药性等方面有不同的表征。该成果对准确判断病毒来源、切断病毒重配与传播途径、有效控制病毒扩散等具有重要意义。