报告称，2012年全国共报告甲类传染病发病76例，死亡1人，报告发病率为0.0056/10万，比2011年上升194.74%，死亡率为0.0001/10万，与2011年持平。乙类传染病除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎和白喉无发病、死亡报告外，其他共报告发病3216856例，死亡16720人。报告发病率和报告死亡率分别较2011年下降1.66%和上升9.02%.报告发病数居前5位病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、细菌性和阿米巴性痢疾及淋病；报告死亡数居前5位病种依次为艾滋病、肺结核、狂犬病、病毒性肝炎和流行性出血热。丙类传染病共报告发病3734546例，死亡594人，报告发病率和报告死亡率分别较2011年上升20.57%和9.98%.报告发病数居前5位病种依次为手足口病、其他感染性腹泻病、流行性腮腺炎、流行性感冒和风疹。报告死亡数较多的为手足口病和其他感染性腹泻病。

与2011年相比，2012年甲乙类传染病中的肠道传染病、呼吸道传染病报告发病率分别下降12.62%和3.50%，自然疫源及虫媒传染病、血源及性传播传染病报告发病率分别上升3.78%和1.42%.

2012年全国共报告人间鼠疫发病1例，死亡1人；共报告霍乱发病75例，无死亡，报告发病率为0.006/10万，较2011年上升211.11%；报告人感染高致病性禽流感发病1例，死亡1人，报告发病数和死亡数均与2011年相同。