日本是世界第二大药品市场，也是世界上药品市场价格控制最严的国家。日本商品药的定价政策比较复杂，有起始价格（initialpricing）、类似功效的定价方法（similar-efficacypricing）、优质优价（pricepremiums）、成本计算方法定价（costcalculationmethod）。国家健康保险每两年强制调整一次价格。日本对国外进口药品的价格有调整规则，如参考国际价格，根据市场扩大份额的情况再重新定价。

日本采用国际平均价格比较定价，包括计算国外平均价格、参照各国药品价格的算术平均值，参照国家选择美、英、德、法4国。

日本通过对药品价格的监管来控制卫生费用。政府制定新的商品药的补偿价格，奖励药厂生产创新药品，创新药品将得到从优的价格政策。日本的通用名药市场已经在稳步增长，但很缓慢。在其通用名药市场增长时，通过制定较高的共付比例，促使患者选择低价药品。

日本药品费用占卫生费用的23.3%，人均药品费用为484美元（2004年）。90%的药品通过医院渠道销售，通用名药的市场销售额只占5.2%，但占药品数量的16.6%.日本30年前已成立了临床经济学会，但研究有限，商业部计划用药物经济学的方法去研究医疗设备和诊断试剂。

日本新药的补偿价格是由药厂和日本厚生省谈判决定的。除了少数药品外，日本政府对所有新上市的药品制定补偿价格。在未来5年内，日本最可能的定价方法是延续目前的补偿改革，即每两年降价一次。