一个抗原分子可具有一种或多种不同的抗原决定簇。位于分子表面的决定簇，易被相应的淋巴细胞识别，具有易接近性，可以启动免疫应答，称为功能性抗原决定簇。位于抗原分子内部的决定簇，一般情况下被包绕于分子内部不能引起免疫应答，称为隐蔽的抗原决定簇。若因受各种理化因素的作用而暴露出内部的决定簇即可使抗原结构发生改变，成为变性抗原。例如某些疫苗，可因理化因素使外部抗原决定簇消失，内部抗原决定簇暴露，致疫苗失效。