补体系统的成分非常复杂，各成分的编码基因也分散在不同的染色体上，其中的大多数基因已被成功地克降出来，其产物的氨基酸顺序也得到测定。补体成分的许多蛋白质分子具有同种异构现象，显示其具有遗传多态性。几乎所有的补体蛋白均为单位点常染色体等显性遗传。

　　编码人C4、C2及B因子的基因在第6对染色体短臂上，医|学教育网搜集整理与MHC系统的基因相邻，被命名为Ⅲ类组织兼容性基因，此种排列的意义尚不清楚。但有趣的是，第6对染色体上各有2个C4基因位点，分别编码C4A和C4B，两者具有不同的生物活性。现已清楚C4基因中至少有1个无效等位基因可能与自身免疫的发病有关。