医学教育网回复：应该没有问题。

第一，考取执业助理医师证书后在相关机构工作满两年，你只需要出具一个工作证明。

第二，如果你医师资格证书上发证日期是2012年7月的，并在12年上半年已经注册了，那么可以报考2013年的执业医师考试。

第三，各地报考政策也有一些小的差异，你可以具体咨询下当地卫生行政部门给予明确答复。既然你的科长说可以，那应该是没有问题的。