长期应用广谱抗生素可使肠道菌群失调，使肠道内耐药的金葡菌、绿脓杆菌、变形杆菌、某些梭状芽胞杆菌和白色念珠菌等大量繁殖引起肠炎。发病多在持续用药二三周后，亦有短至数日者。体弱、严重的原发病、长期应用肾上腺皮质激素或抗癌药，或免疫功能低下者更易发病。婴幼儿病情多较重。

1.金黄色葡萄球菌肠炎：原发性者少见。它是细菌侵袭肠壁和产生肠毒素所致。主要症状为腹泻，轻症日泻数次，停药后即逐渐恢复：重症腹泻频繁，大便有腥臭味，呈黄或暗绿色，水样，粘液较多，少数为血便。可出现脱水、电解质紊乱和酸中毒。伴有腹痛和不同程度的中毒症状如发热、恶心、呕吐、乏力、谵妄，甚至休克。大便镜检有大量脓细胞和成簇的革兰阳性球菌，培养有金葡菌生长，凝固酶试验阳性。

2.假膜性小肠结肠炎：由难辨梭状芽胞杆菌引起。除万古霉素和胃肠道外用的氨基糖苷类抗生素外，几乎各种抗生素均可诱发本病，可在用药1周内或迟至停药后4～6周发病。亦见于外科术后，、肠梗阻、肠套叠、巨结肠和肾衰等衰弱患者。

主要症状为腹泻，轻症每日大便数次，停抗生素后即很快痊愈。重症频泻，大便为黄或黄绿色，水样，可有假膜排出，少数大便带血。可出现脱水、电解质紊乱和酸中毒。伴有腹痛、腹胀和中毒症状，严重者可发生休克。对可疑病例可行直肠镜和乙状结肠镜检查。

大便做厌氧菌培养、组织培养法检测细胞毒素可协助确诊。

3.真菌性肠炎：常为白色念珠菌所致，常伴鹅口疮。大便次数增多，稀黄，泡沫较多，带粘液，有时可见豆腐渣样细块（菌落），偶见血便，镜检可见真菌芽生细胞和假菌丝。做大便真菌培养进行鉴别。