（一）扩创和引流厌氧菌感染常伴有广泛的组织坏死，必须彻底切除，因坏死组织能降低局部Eh，有利于厌氧菌的繁殖，这是治疗厌氧菌感染的先决条件。产气荚膜杆菌性肌炎（即气性坏疽）时肌肉广泛坏死，也必须切除，严重的甚至需要截肢。坏死性筋膜炎是较少见的厌氧菌感染，筋膜和皮肤常有广泛坏死，如不彻底切除，常难以控制感染的扩散而导致死亡。

（二）抗生素疗法必须选择对厌氧菌敏感的抗生素。厌氧菌对氨基糖甙类抗生素常有抗药性。大多数厌氧菌，除脆弱类杆菌外，均对青霉素G敏感。林可霉素的抗菌谱与青霉素G相仿，如病人对青霉素过敏时可选用。氯霉素几乎对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌在内均有效，但缺点是有骨髓抑制的危险性。厌氧菌对四环素、红霉素和氯霉素的敏感性有差异，且在治疗过程中迅速产生抗药性，氯林可霉素对厌氧菌感染的疗效优于林可霉素，但它和林可霉素一样，有时会引起致命的假膜性结肠炎。在目前的抗菌药中，疗效最好的首推甲硝唑，对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌有效。Sharp等发现甲硝唑的疗效优于氯林可霉素和林可霉素，此药价格便宜，即使长期使用也无严重并发症。甲硝唑不仅可口服（500mg，每日三次），灌肠（每次1～2g），最近国内已有静脉制剂，0.5%100ml，静滴每日2～3次。口服甲硝唑和静脉滴注甲硝唑在结肠手术前准备中的作用，证明这两种方法均能有效地降低伤口的感染率。

前已述及，厌氧菌与需氧菌之间伴有协同作用，因此在治疗厌氧菌感染时须分别采用对需氧菌和厌氧菌敏感的药物。头孢西丁（Cefoxitin）对类杆菌属有效，但疗效不如氯林可霉素、氯霉素或甲硝唑。头孢孟多是一种新的静脉用头孢菌素，抗菌谱较广，对革兰氏阳性和革兰氏阴性的需氧菌和厌氧菌均有效。

第三代头孢菌素例如头孢羟羧氧酰胺（Moxalactam）头孢哌酮（Cefoperazone）和头孢噻肟（Cefotaxime）对需氧菌和厌氧菌均有效，对所有的厌氧菌均有极强的杀菌力。

（三）高压氧疗法高压氧能提高组织的氧张力，抑制厌氧菌的繁殖，这一疗法是梭形芽孢杆菌感染治疗中的一个重要方面，但对于无芽孢厌氧菌感染究竟有多少价值，不少人表示怀疑。总之，这种疗法目前尚在实验阶段，值得深入研究。

（四）过氧化氢过氧化氢是治疗厌氧菌感染伤口的一种有效药物，它所释放的新生氧能杀死厌氧菌。过氧化锌糊剂则可用于治疗某些厌氧菌感染，特别是Meleney溃疡。