鉴别诊断疾病较多，确诊主要依靠真菌检查。

结核病：是由结核杆菌感染引起的慢性传染病。

肝脓肿：由溶组织阿米巴原虫或细菌感染所引起。

腹膜后感染与脓肿：常见的病原体是大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、普通变形杆菌、产气杆菌及链球菌。

骨髓炎：由需氧或厌氧菌、分枝杆菌、真菌引起。

真菌性足菌肿：由真菌或放线菌引起的慢性肉芽肿疾病。

其他如：阑尾炎，葡萄状菌病，奴卡菌病等。