手术切开引流的方法，因脓肿部位不同而各异。表浅者局麻下进行，以波动明显部位为中心，作肛门周围放射形切口，要足够大，以保证引流通畅。坐骨直肠窝脓肿部位较深，范围亦大，应鞍麻下切开引流，切口应距肛缘3～5厘米，呈弧形，略偏后，切口大，术者手指能进入脓腔，保证引流通畅。骨盆直肠窝脓肿，由于肛提肌间隔，脓腔要在穿刺引导下引流，穿过肛提肌的切口也必须够大，其它一些脓肿均可经直肠切开引流，较低位的可在直视下进行，较高的需通过肛镜进行。