大多数金黄色葡萄球菌产生青霉素酶，且对甲氧西林的耐药性正在增加。一般主张用一种能抗青霉素酶的青霉素（如苯唑西林或萘夫西林2g，静脉注射，每4~6小时1次。另一类主要药物是头孢菌素：常用的为头孢噻吩或头孢孟多2g，静脉注射，每4~6小时1次，头孢唑啉0.5~1.0g，静脉注射，每8小时1次，或头孢呋辛750mg，静脉注射，每6~8小时1次。第三代头孢菌素的效果不如第一代或第二代制剂。林可霉素600mg静脉注射，每6~8小时1次对90%~95%菌株有效。

　　一般认为，对甲氧西林耐药的菌株，对所有β-内酰胺抗生素均有抵抗力。在许多医院，此类菌株占医院获得性葡萄球菌的30%~40%，而仅占社区获得性感染的5%.如怀疑或经体外药敏试验证明对甲氧西林耐药，一般用万古霉素。常用剂量为1g静脉注射，每12小时1次；有肾功能衰竭时适当调整用量。