尽管异基因移植的复发率低于同基因和自体移植，但首次缓解的病例仍有25％复发，而进展期的病例复发率近50％，复发或耐药的病例其复发率更是高达75％以上。与复发相关的因素包括：年龄偏大、急性白血病非首次缓解期、慢粒非慢性期、去T细胞移植以及移植后未发生GVHD等。发生白血病复发主要与移植时体内残留的白血病细胞较多和GVL不强有关。一旦复发，治疗极为困难。