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临床执业医师新大纲中，专业综合部分包括症状与体征、疾病（按照人体系统排列）两大部分。其中，疾病包括呼吸系统、心血管系统、消化系统、泌尿系统（含男性生殖系统）、女性生殖系统、血液系统、内分泌系统、神经、精神系统、运动系统、儿科、传染病、性病和其它共12部分。
其中，呼吸系统疾病共有细目140个，其中共有14处修改，占10％，11处新加内容，占8％。两者共有25处，占18％。
备注：下述内容是在08年大纲的基础上进行的分析，关于09年执业医师考试大纲请参考相关页面。
| （一）慢性阻塞性肺疾病（08年大纲） |
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（3）临床表现、临床分型（修改） |
| （二）肺动脉高压与肺源性心脏病（08年大纲） |
1.继发性肺动脉高压 |
（2）发病机制和病理（修改） |
| （3）肺心功能代偿期和失代偿期的临床表现（修改） |
| （4）并发症（修改） |
| （5）实验室和其他检查（修改） |
| （7）治疗原则和主要措施（修改） |
| 2.特发性肺动脉高压 |
（1）概念（流行病学）新加内容 |
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（4）实验室和其他检查修改 |
| （6）治疗与考试大收集整理教育管理修改 |
| （四）支气管扩张症（08年大纲） |
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（1）概念新加内容 |
| （6）治疗与预防修改 |
| （五）肺炎（08年大纲） |
1.肺炎球菌肺炎 |
（1）发病机制和病因修改 |
| 2.葡萄球菌肺炎 |
（1）病因和发病机制（新加内容） |
| 3.肺炎克雷白杆菌肺炎 |
（1）病因和发病机制（新加内容） |
| （六）肺脓肿（08年大纲） |
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（1）病因和发病机制（新加概念） |
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（2）临床表现 |
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（3）实验室和其他检查 |
| （十）呼吸衰竭（08年大纲） |
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（2）病因、分类和发病机制（修改） |
| （十一）急性呼吸窘怕综合征呼吸窘迫综合征与多器官功能障碍综合征（08年大纲） |
1.急性肺损伤与急性呼吸窘迫综合征 |
（2）病因和发病机制修改 |
| （3）辅助检查新加内容 |
2.呼吸支持技术
新加内容 |
（1）氧疗 新加内容 |
| 2.呼吸支持技术 |
（2）人工气道考试大收集整理的建立与管理 新加内容 |
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（3）机械通气 新加内容 |
| （十三）胸部损伤（08年大纲） |
1.损伤性气胸 |
（4）胸膜腔闭式引流的方法（适应症）修改 |
| 2.损伤性血胸 |
（4）治疗新加内容 | |
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