流行性乙型脑炎的潜伏期4～21天，一般为10～14天。病毒初在单核-巨噬细胞内繁殖，再释放入血，多数人在感染后并不出现症状，但血液中抗体可升高，称之为隐性感染。部分人出现轻度的呼吸道症状；极少数患者，病毒通过血脑屏障造成中枢神经系统病变，出现脑炎症状，高热、抽搐、呼吸衰竭是乙脑极期的严重症状，呼吸衰竭主要为中枢性呼吸衰竭。典型患者的病程可分4期。

　　（一）初期

　　病程第1～3天，体温在1～2日内升高到38～39℃，伴头痛、神情倦怠和嗜睡、恶心、呕吐。小儿可有呼吸道症状或腹泻。

　　（二）极期

　　病程第4～10天，进入极期，突出表现为全身毒血症状及脑部损害症状。表现为：高热、抽搐、呼吸衰竭，是乙脑急性期的三联征，常互为因果，相互影响，加重病情。

　　（三）恢复期

　　极期过后体温在2～5天降到正常，言语、表情、运动及神经反射逐渐恢复正常，部分病人恢复较慢，需1～3个月以上。但重症病人表现为低热、多汗、失语、瘫痪等。经积极治疗，大多数病人常可在6个月内恢复。

　　（四）后遗症期

　　虽经积极治疗，部分患者在发病6个月后仍留有神经、精神症状，称医学教`育网搜集整理为后遗症。发生率5%～20%。以失语、瘫痪及精神失常最为多见。如继续积极治疗，仍可望有一定程度的恢复。

　　临床根据病情严重程度分为不同临床类型：轻型、普通型，重型和极重型（暴发型）。