本病潜伏期比淋病长，约1-3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象；分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。

　　沙眼衣原体感染易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体；累及睾丸可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗；累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等；本病还可以合并Reiter综合征，即关节炎，结膜炎，尿道炎三联症。

　　（二）女性生殖系统衣原体感染症。

　　女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。

　　女性衣原体感染比男性感染引起的症状要多，其主要感染部位为宫颈，其后遗症多导致不孕症。

　　诊断：

　　（一）抗原检测

　　1.直接涂抹染色（DT）法传统的结膜刮片和宫颈拭子经姬姆萨或碘染色检查上皮细胞浆内有无包涵体是衣原体检查常用的筛选试验。如果操作和标本采取得当，其特异性强，结果可靠，但敏感性差，尤其是碘染色，只能检查含糖原的包涵体。

　　2.细胞培养法用于衣原体培养者，常用经放线菌酮处理的单层McCoy细胞。经孵育后，用荧光标记的抗体、酶结合的单克隆抗体、碘或姬姆萨染色，胞浆中出现特征性的包涵体，即可考虑有衣原体的存在。本法的敏感性为80％～90％。由于细胞培养法费时费力，且条件和技术要求较高，不能作为临床常规检查方法，因此不适用于大规模筛选及流行病学调查。

　　3.酶联免疫吸附试验（ELISA）ELISA是用来检测临床标本中衣原体抗原的一种有效方法。所用抗体多为衣原体属脂多糖单克隆或多克隆抗体，特异性强。本法对婴儿结膜炎检测的敏感性和特异性分别为88％和94％，鼻咽部感染检出率和特异性分别为87％和92％。以此法检测1529例生殖道标本，并与培养法结果比较，其敏感性男性为91％，女性为88％；特异性均为99％。本法具有简便快速的特点，适用于大量标本的检测，但与细菌有交叉反应，可出现假阳性，尤其是鼻咽部标本。

　　4.直接免疫荧光法（DFA）本法简便、快速、特异性好，敏感性和特异性随标本部位及人群而异。新生儿结膜炎的阳性率达100％，（而组织培养为94％）鼻咽部标本的敏感性为85％，特异性为75％。宫内膜和输卵管等部位的标本较培养法敏感。它还用于精液、直肠及因运输或保存不当使衣原体失活标本的检测。用多克隆荧光抗体检测可诊断衣原体感染，但不能区别其类型，单克隆荧光抗体可直接定型，识别的是沙眼衣原体的原生小体，而非较大且少见的细胞内包涵体。荧光显微镜的质量和操作技术均可影响结果。对操作熟练者来说，本法的敏感性和特异性至少和ELISA相同。DFA可代替细胞培养法，以筛选生殖道感染中等至高度流行的年轻人群及确诊有症状的新生儿结膜炎。

　　5.斑点免疫结合法（DIBA）本法是以微孔薄膜作固相载体，吸附抗原后进行的抗原抗体反应，在膜上出现着色斑点为阳性结果。其敏感性为100％，特异性为92.4％。与细胞培养法比较，其符合率为96.7％。DIBA适用于大批量标本的检测，但结果需3天。

　　6.核酸探针随着分子生物学技术的发展，DNA杂交技术已进入衣原体检测领域。以82S标记7Md质粒制备的探针，检出Ct的敏感性和特异性分别为91％和80％。用沙眼衣原体性病淋巴肉芽肿（LGV）-Ⅱ的质粒DNA和LGV-I的染色体DNA作探针，可特异性地检测沙眼衣原体的15个血清型抗原，而与单纯疱疹病毒（HSV），淋球菌等41种微生物无交叉反应。检测范围可达10～100pgDNA.用血清学、单克隆抗体及组织培养鉴定为阴性的某些标本，用DNA探针检测可得到阳性结果。用沙眼衣原体TE-55株全DNA制备分子探针，能特异性地检出衣原体的15个血清型。该探针具有特异性高，敏感性强，完全有可能用于衣原体的临床诊断和分子流行病学调查。原位DNA杂交用于宫颈刮片和直肠活检标本，其结果与培养相似。但也有认为，在生殖道标本检测中，DNA探针不够敏感，特别是培养为弱阳性的标本。

　　7.聚合酶链反应（PCR）PCR是近年发展起来的新技术，能使核酸分子按几何级数扩增，使样品中极微量的核苷酸分子迅速地扩增，然后通过核酸分子的检测获得极敏感的结果。PCR简便快速，具有高度的敏感性和特异性，且可同时从标本中直接鉴定衣原体的种和型别。从7.5Kb质粒ORF-3选择了一对具有种特异性引物，经40次PCR循环，电泳检测的灵敏度达10-17gDNA.

　　（二）抗体检测抗体检测的价值不大，因生殖道感染无并发症者仍产生低滴度的抗体；约20％急性衣原体尿道炎患者不产生抗体；有人认为IgA意味着现症感染，但PID者可长期存在IgA.衣原体抗体检测的常用方法有以下几种。

　　1.补体结合试验（CFT）适用于LGV、鹦鹉热及肺炎衣原体感染的诊断，其敏感度较低。当效价≥1∶32提示为衣原体感染，但不能鉴别其种类。用于LGV的证实试验，要求效价≥1∶64.

　　2.微量间接免疫荧光试验本试验是诊断肺炎衣原体感染最敏感的方法之一。以肺炎衣原体作为抗原进行试验，检测特异性抗体。若双份血清效价呈4倍增加，或单分血清IgM抗体效价≥16，或IgG抗体效价≥512，可诊断为急性感染。既往感染者的IgG抗体效价介于8～256之间。临床上依据血清学试验可将肺炎衣原体感染分为原发和继发两种。原发感染IgM出现早、效价高，IgG出现较晚，IgA反应较弱或不出现。继发感染IgG反应迅速，一般不出现IgM和CF抗体。因此，抗体检测应根据标本采集时间，结合临床资料综合分析才能得出正确结论。