临床症状：平均潜伏期约七至十天，很少超过14天。百日咳的临床症状初期的卡它期，会出现流鼻水、轻微咳嗽及发烧等类似上呼吸道感染的感冒症状，持续约1至2周。接着为发作的阵咳期，此时呼吸道分泌物愈多愈黏稠，而咳嗽也更严重，其为突然的阵痉性的咳嗽，可以持续2至4周；这个时期也是最容易被诊断出来的时期。但婴儿的症状通常较不明显，常有的症状是呼吸暂停、哽塞窒息、呕吐、脸部通红、发绀或眼睛凸起等。成人则较容易形成长期性的咳嗽，但一般成人的症状较轻微且不十分典型。在恢复期则症状逐渐消失而至痊愈，但若并发肺炎则可能死亡。其他严重的合并症包括肺泡或横膈破裂、脑部缺氧或碱中毒引发的痉栾、呕吐及结膜下出血。