因为厌氧菌培养的结果可能要等待3~5日，通常应在明确化验结果之前开始抗生素治疗。有时即使混合感染中某些菌株对抗生素耐药，抗菌疗法也仍可见效，特别当给予充分引流时，效果更好。处理混合感染中的厌氧菌可减少伤口中细菌的数量，也可减少脓肿形成的数量。脓肿或容易感染的部位，如穿孔的器官必须关闭或引流。失活的组织，异物和坏死组织必须清除。任何封闭腔隙的感染如脓胸必须引流。若可能，应重建血液供应的循环。对脓毒性血栓性静脉炎需结扎静脉并给抗菌治疗。

　　口咽部厌氧菌感染应该用青霉素G治疗。在很少情况下，口腔厌氧菌感染对青霉素反应差，则应选用对耐青霉素厌氧菌有效的药物。肺脓肿应该用克林霉素或β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用。对青霉素过敏的病人可用克林霉素或甲硝唑（加用一种对厌氧菌有效的药物）。

　　胃肠道或女性盆腔厌氧菌感染可能含有脆弱拟杆菌，对青霉素可能有耐药性。此外还发现对第2代头孢菌素和克林霉素也有耐药性。没有哪种单一疗法可显示其优越性。下列药物在体外试验中表明十分有效：甲硝唑，亚胺培南/西拉司丁，哌拉西林/他唑巴克坦，氨苄青霉素/舒巴坦，美罗匹宁和替卡西林/克拉维酸。有些在体外试验中无明显作用但实际通常有效的药物有克林霉素，头孢西丁和头孢替旦。甲硝唑500~750mg每8小时静脉注射1次（儿童：每日30mg/kg分3剂给）

　　与氨基糖苷类（如庆大霉素每日5mg/kg分3剂给）合用，用于治疗腹腔内感染或任何结肠源性感染，可覆盖肠革兰氏阴性菌群。应监测庆大霉素在血清中的浓度，因为该药有潜在性肾脏毒性和耳毒性。在本治疗方案中也可用克林霉素替代甲硝唑，剂量为每8小时静脉注射900mg（儿童：每日30mg/kg分3剂给）。甲硝唑是唯一的厌氧菌杀菌剂，对耐克林霉素的脆弱拟杆菌有效，并可避免克林霉素相关性伪膜性结肠炎。有关该药潜在的致突变作用尚未见临床后果。头孢西丁和头孢替旦对厌氧菌有广泛的抗菌覆盖面。甲硝唑，亚胺培南，美罗匹宁和β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用，在体外试验均显示最好的抗菌作用。除甲硝唑外，所有这些药物均可单独使用，因为它们也有良好的抗需氧菌的作用。