病原为黄热病病毒（yellow　fever　virus），属黄病毒科（family　Flaviviridae）的黄病毒属（genus　Flavivirus），（过去的虫媒病毒B组）与同属的登革热病毒等有交叉免疫反应。病毒颗粒呈球形，直径37～50nm，外有脂蛋白包膜包红，包膜表面有刺突。病毒基因组为单股正链RNA，分子量约为3.8×106，长约11kb，只含有一个长的开放读码框架，约96%的核苷酸在此框架内。黄病毒基因组分为二个区段：5＇端1/4编码该病毒3个结构蛋白，即C蛋白（衣壳蛋白）、M蛋白（膜蛋白）和E蛋白（包膜蛋白）；3＇端3/4编码7个非结构蛋白。基因组的5＇端和3端均有一段非编码区。