土壤含有细菌生长繁殖必须的营养物质、水分、适宜的pH及气体环境，故土壤中细菌种类繁多，数量也最大。土壤中细菌可分三类：①天然生活在土壤中的自养菌；②随动物尸体进入土壤的腐物寄生菌；③来自人或动物的排泄物及尸体进入土壤的致病菌。但多数病原菌在土壤中很容易死亡，有芽胞细菌，如炭疽芽胞杆菌、破伤风梭菌、气性坏疽病原菌可长期存活。土壤中的厌氧芽胞杆菌是创伤感染病原菌的主要来源。

　　（二）水

　　水中的细菌来自土壤、尘埃、垃圾及人畜的排泄物等。由于水极易受人与动物粪便和各种排泄物的污染，所以致病性细菌如霍乱弧菌、伤寒沙门菌、痢疾志贺菌、钩端螺旋体等可以在水中生活，因而经常通过水引起各种传染病。由于从水中检出病原菌比较困难，所以用大肠埃希菌作为水被粪便污染的主要指标，用测定大肠埃希菌群数来判定水源被污染的程度。目前我国规定饮用水的标准为lml水中的细菌总数不超过l00个，1000ml水中大肠埃希菌群数不超过3个。

　　（三）空气

　　空气中的细菌来源于人畜呼吸道的飞沫及飘扬起来的尘埃。室内空气中的细菌比室外多，尤其在人口密集、空气不流通的公共场所易被患者或带菌者污染，引起呼吸道传染病的传播。空气中细菌污染的指标，通常是测定lm3空气中的细菌总数和链球菌数作为细菌污染空气的指标。空气中的细菌也是培养基、生物制品、医药制剂以及手术室等的污染来源。