中毒性休克综合征的确切原因不明，但几乎所有病例均与嗜菌体1组金黄色葡萄球菌产外毒素菌株相关，这种细菌能产生中毒性休克综合征毒素-1或有关外毒素。已在粘膜（鼻咽部，阴道，气管）或坏死分离部位（积脓，脓肿）以及行经妇女的阴道发现此种细菌。由此推测，在阴道内已存在菌落并使用阴道塞的妇女最有危险获中毒性休克综合征。很可能是与阴道塞有关的机械或化学因素导致细菌外毒素的产生增加，而外毒素可通过破损的粘膜或子宫进入血流。