先天性畸形和炎症是常见的病因，如肛周、直肠周围脓肿、广泛的肛管直肠瘘、肉芽肿性结肠炎、溃疡性结肠炎、结核、血吸虫病肉芽肿、花柳性淋巴肉芽肿、放线菌病等，均可引起肛管直肠狭窄。损伤也是最常见的病因，特别是手术创伤。其他的病因有会阴意外伤、分娩伤、烧伤、具有腐蚀药物、栓剂的损伤、放射治疗和肿瘤。