细菌性肝脓肿的病原菌多为大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、厌氧菌，可经胆道上行感染（最常见，如胆石症）、肝动脉播散（见于败血或脓血症）、门静脉扩散（已很少见，如化脓性阑尾炎时），开放性损伤等侵入肝脏。

　　阿米巴肝脓肿，则为肠内阿米巴原虫经结肠溃疡，穿入门静脉所属分支，抵达肝内所致。因原虫产生溶组织酶，使受累肝组织坏死液化，与血液混合成棕褐色脓液。