急性菌痢应与急性胃肠炎、阿米巴痢疾、等鉴别，中毒型菌痢应与鉴别，慢性痢疾应与结肠癌、等鉴别。细菌性食物中毒多集体发病，起病急、病程短、呕吐剧烈、水样便。流行性乙型脑炎的流行季节、临床表现与急性重型、中毒型菌痢相似。应及早作盐水灌肠，采取大便标本作镜检及细菌培养，以明确诊断。阿米巴痢疾起病一般缓慢，少有毒血症症状，里急后重感轻，便次较少，要注意与菌痢相区别。其腹痛以右侧为主，典型者有果酱样大便，粪镜检见红细胞成堆，而白细胞少，可找到阿米巴滋养体。乙状结肠镜检查所见两者不同，于病变部位取材检查病原体也不相同。对慢性腹泻患者，应想到直肠癌的可能性，及时作肛门指检及乙状结肠镜检查以明确诊断。